עדויות חוקרים בכירים שפורסמו בתקשורת הישראלית מאשרות אמירות שנשמעו שנים ממתלוננים על עינויים בחקירות. "צריך להבהיר לנחקר, שחקירה היא לא בהכרח רק שאלות ותשובות. צריך שיהיה ברור שכדי לקבל תשובות, ניסיונות השכנוע לא יהיו רק מילוליים", במשפט זה ניסח נ', חוקר בכיר לשעבר, את ההצדקה לשימוש בכוח בחקירות. בין היתר, תיארו החוקרים אמצעים פסולים כגון סטירות, הטיות גב מכאיבות, תנוחות קשות וכיסוי עיניים, כשלעתים כל האמצעים משולבים זה בזה עד לשבירת הנחקר.

על פי העדויות, החוקרים מודעים היטב להשפעה הקשה של האמצעים הללו על הנחקר ואף ציינו, כי אינם מפסיקים את העינויים גם במקרה שהנחקר צועק ובוכה. לדברי אחד החוקרים, "האמצעים שננקטים בישראל נבחרים בקפידה, כך שמצד אחד לא ישאירו נזקים או סימנים, ומצד שני יהיו מספיק אפקטיביים כדי לשבור את רוחם של הנחקרים". ב–1999 פסל בג"ץ את פרקטיקת העינויים. הוא קבע, כי השימוש באמצעי חקירה אלימים על ידי השב"כ פסול, וכי אין סמכות חוקית להשתמש באמצעים כמו טלטולים, כיסוי הראש בשק, מניעת שינה, קשירה מכאיבה ועוד, ואין לממשלה או לשב"כ סמכות לקבוע הנחיות, כללים והיתרים באשר לשימוש באמצעים פיזיים במהלך חקירת חשודים בטרור. בנוגע לטענת ישראל על חשש למקרים של "פצצה מתקתקת", קבע בג"ץ, כי ייתכן שבנסיבות מסוימות תעמוד לחוקר בדיעבד "הגנת הצורך" ותגן עליו מפני דין פלילי. בג"ץ הדגיש שבכל מקרה, הגנת הצורך אינה מקור סמכות לשימוש באמצעים פסולים. מעדויות החוקרים שהתפרסמו עולה, כי פירצה זאת נוצלה לחלוטין: בגופי החקירות בישראל קיים מנגנון מסודר של אישור עינויים, שמרוקן מתוכן את החלטת בית המשפט העליון. בעקבות תלונות רבות של נחקרים פלסטינים אף הוגשה בקשת ביזיון לבג"ץ בגין אי־קיום פסק דינו, אך ב–2009 הוא דחה אותה, בקביעה שהליך ביזיון אינו מתאים לעניין הנדון. לגופי החקירה בישראל יש אמצעים דרקוניים דיים כגון מעצר, מניעת מפגש עם עורך דין, תנאי כליאה קשים, מניפולציות פסיכולוגיות ותרגילי הטעיה. הסתתרות אוטומטית מאחורי תירוץ של "פצצה מתקתקת", וחלוקת אישורים סיטונית, אינן מתיישבות עם רוח החלטת בג"ץ. לעינויים בחקירה. על היועץ המשפטי לממשלה הישראלית לאסור באופן מיידי הפעלת אמצעים אלו, שמובילים לא אחת להודאות שווא ועיוות הצדק. מניעת פשע אחד אינה מצדיקה ביצוע פשע אחר.