הדגירה על ההקלטות שבין מוזס לנתניהו על ידי רשויות החקירה של ישראל, גרמה לעיכוב של חודשים. מנדלבליט ליהק את עצמו לתפקיד ראש צוות החקירה. הוא פיקח עליה באופן הדוק, פסל שורת עדים שהמשטרה ביקשה לחקור והתערב בנוסח השאלות. מעת לעת גם שידר הסתייגות כלפי ממצאי החקירה, כשניצן מהדהד אותו לרוב.

בעקבות כך, החלו להתבסס רסיסי מידע שהיו בידי המשטרה חודשים קודם, על כך שאיל ההון מילצ'ן מספק לבני הזוג נתניהו במשך שנים טובות הנאה בשווי מצטבר של מאות אלפי שקלים. המידע לימד שבשלב מסוים ביקש מילצ'ן משותפו, ג'יימס פאקר, לחלוק אתו את הוצאות בני הזוג נתניהו. בחורף, כשניכרו במידע הגולמי סימני אמת ברורים, עגנה היאכטה של פאקר בחופי ישראל. אלא שחוקרי המשטרה לא עשו את הצעד המתבקש ולא הזמינו אותו מיד לחקירה. איל ההון לא הגיע לישראל עד היום, והמשטרה מתקשה מאוד לגבות את גרסתו, שנחשבת לחתיכה החסרה בפאזל. פערי זמן גדולים בין קבלת המידע בתיק 1000 לבין אישור היועץ ופרקליט ישראל לחקור אותו בפועל הביאו לעיכוב נוסף.

בשלהי נובמבר הוחלט כי נתניהו ייחקר באזהרה בפרשת טובות ההנאה, ואילו נוני מוזס ייחקר באזהרה בפרשת 2000. היועץ עדיין התלבט אם לחקור את נתניהו על הדיאלוג שלו עם מוזס או להסתפק בעדות פתוחה, בעוד שבצוות החקירה סברו כבר חודשים קודם שיש לחקור את השניים באזהרה. כך חלפו עוד כמה שבועות עד שמוזס הוזמן לראשונה למתקני היחידה הארצית לחקירות הונאה. אדם המכיר היטב את היועץ הסביר באחרונה שמנדלבליט החליט לתת אור ירוק לחקירת נתניהו באזהרה כשהתחוור לו כי לפי גרסת מוזס, ראש הממשלה הוא שיזם את המפגשים. "נכון שהוא התלבט עד הרגע האחרון", אמר מקור במשרד המשפטים, "אבל עם כל הכבוד, אני לא רואה את קודמיו מאשרים בקלות — או בכלל — חקירה פלילית נגד ראש ממשלה ומו"ל ידיעות אחרונות.

גם כשהחקירה הפכה גלויה, היועץ לא הוריד את הרגל מהבלמים. כך, הוא מנע את חקירתם במקביל של בני הזוג נתניהו בפרשת טובות ההנאה, בניגוד לדעת הצוות החוקר , החליט ששרה נתניהו לא תיחקר באזהרה והתנגד לכך שהמשטרה תגבה גרסאות מהאנשים שאליהם פנה נתניהו כדי שיזרזו את מתן הוויזה למילצ'ן.