אסא כשר, שניסח את הקוד האתי השנוי במחלוקת למוסדות ההשכלה הגבוהה, מונה לתפקיד על ידי שר החינוך, נפתלי בנט, באופן אישי — ללא מכרז או הליך ציבורי של בחירת מועמדים, ובלי שהמועצה להשכלה גבוהה (המל"ג) דנה במינויו או ברעיון ניסוח הקוד.

גורמים במערכת ההשכלה הגבוהה הביעו ספק בסמכותו של בנט למנות את כשר לתפקיד מלכתחילה, מאחר שחוק המל"ג, המסמיך אותו לתפקיד יו"ר המל"ג, אינו מעניק לו סמכויות למינוי מומחים מטעמה. כשר ביצע את התפקיד בהתנדבות. חוק חובת המכרזים אמנם קובע כי על מוסדות ההשכלה הגבוהה להעדיף התקשרות במכרזים — אבל הוא מאפשר התקשרויות ללא מכרז כשלא ניתנת תמורה. בתקופה שבה ניסח כשר את הקוד, המל"ג הקצתה לו מקום עבודה במשרדיה.

מהמל"ג נמסר כי מכיוון שכשר התבקש על ידי בנט לספק חוות דעת ללא תמורה, ולא מונה לתפקיד רשמי, לא היה צורך במכרז.

במערכת ההשכלה הגבוהה מתחו ביקורת גם על אופן בחירתו של כשר ועל ניסוח הקוד — ללא דיונים מקדימים במועצה ובלי שנבחר באופן מסודר. במקרים אחרים, המל"ג בחנה נושאים מורכבים באמצעות ועדות שהקימה או באמצעות פניות לכמה מומחים.

ואולם הפעם פירסמה המל"ג בינואר הודעה לציבור בעיתונות ובאתר האינטרנט שלה, שבה הודיעה כי כשר 'מונה' על ידי בנט "להגיש למל"ג המלצות בדבר עקרונות וכללים של קוד אתי להתנהלות ראויה בכל תחומי הפעילות במסגרת המוסדות להשכלה גבוה, בממשקים שבין פעילות אקדמית לפעילות פוליטית".

רק לאחר מינויו של כשר לתפקיד פתחה המועצה בהליך של דיון ציבורי בנושא הקוד האתי, באמצעות הזמנה לציבור להביע עמדה. עם זאת, המועצה איפשרה לכשר להחליט את מי לזמן להשמיע את עמדתו בנוגע לניסוח הקוד.

הבחירה בכשר דומה לבחירה של אנשי ציבור לראשי ועדות על ידי משרדי הממשלה, למשל הוועדה למלחמה בעוני בראשות אלי אלאלוף. ואולם במקרים אלה מדובר בוועדות שבהן התקיים דיון ציבורי ארוך בהשתתפות מומחים.

הקוד האתי שניסח כשר עבור האוניברסיטאות, עורר התנגדות עזה באקדמיה וביקורת על תוכנו. ראשי האוניברסיטאות הודיעו כי הם מתנגדים בתוקף לקוד האתי, וכי "רבים מסעיפיו עוסקים באופי כלל הפעילות האקדמית בתחומי המחקר וההוראה. בכך הופך הקוד לאוסף של כללים מוכתבים שלטונית על מכלול הפעילויות האקדמיות של חברי הסגל האקדמי בישראל".