ההתעוררות החילונית בשנתיים־שלוש האחרונות הביאה לירידה משמעותית בהיקף הפעילות של חלק מהעמותות הדתיות בבתי ספר ממלכתיים. ואולם, לאחרונה ביטל משרד החינוך את החובה ליידע את ההורים על כניסת הארגונים האורתודוקסיים למוסדות החינוך של ילדיהם. השינוי המשמעותי בנהלים, שעליו חתום השר הקודם, נפתלי בנט, נעשה ללא דיון ציבורי.

כ–40 ארגונים דתיים מעבירים בבתי הספר החילוניים פעילויות בנושאי יהדות, שחורגות מעבר לתוכנית הלימודים הפורמלית. התקציב לפעילות מגיע דרך תקנת תמיכה ב"מרכזים להעמקת הזהות היהודית", שבאחריות האגף לתרבות יהודית במשרד החינוך, המתגאה בקידום התפישה האורתודוקסית במערכת החינוך. תחת בנט נרשם בשנה שעברה שיא של כל הזמנים בתקציב התקנה: 22 מיליון שקל (וכך גם האגף — 218 מיליון שקל).

אחד מתנאי הסף לקבלת מימון באמצעות "תקנת המרכזים" קבע שאין חובה להשתתף בפעילות ושעל בית הספר והגוף החיצוני להבהיר זאת בכתב להורי התלמידים. לפני כחצי שנה פירסם משרד החינוך טיוטה להערות הציבור לנוסח חדש של התקנה: ההשתתפות עדיין מוגדרת רשות, אך הפעם נדרש בית הספר לדווח לעמותה כי "הבהיר זאת בכתב להורי התלמידים". באחרונה נחשף כי בנוסח הסופי של התקנה — הנושא את התאריך שבו פוזרה הכנסת הקודמת — נעלמה חובת הדיווח. הכנסת השינוי לאחר הפרסום להערות הציבור חיסלה כל אפשרות לערער עליו.

הדיון על ההדתה במערכת החינוך הפגיש את העמותות הדתיות והאגף שמתקצב אותן עם התנגדות של קבוצות הורים, שלמדו על הסעיף הנשכח והחלו לדרוש מבתי הספר דיווח מוקדם ושקיפות מרבית. למשל, על הפעילות הגלויה שהדגישה את חשיבות האמונה ב"אלוקים" ועל הקשרים הנסתרים למפלגות הדתיות. הורים נחושים הצליחו לדחוק עמותות דתיות.

ביטול חובת הדיווח להורים פוגע קשות ביכולת לפקח על העמותות ומטשטשת את ההבחנה בין פעילות חובה לפעילות רשות. הצהרות ראשי משרד החינוך בדבר זכותם של ההורים להשתתף בחינוך ילדיהם הוקרבו לטובת גרעינים תורניים ועמותות חרד"ליות. אל מול ניסיונות ההדתה, הורים ואנשי חינוך חילונים חייבים להגן על הזכות לחינוך על פי ערכיהם.