במסגרת הפעילות הישראלית הממושכת נגד תיאטרון אל־מיאדין, רשם העמותות הגיש בקשה לפירוק עמותת התיאטרון, בטענה שהתיאטרון החיפאי העלה, הצגה המזדהה עם אחד מרוצחי החייל משה תמם.

המאבק נגד התיאטרון החל לאחר שבשנת 2014 הועלתה ההצגה "הזמן המקביל", המספרת את סיפורו של האסיר הפלסטיני וליד דקה, שמאושם כי חטף ורצח את החייל משה תמם ב־1984. המחזה הוצג מול מאות תלמידי תיכון במגזר הערבי. פעילים בתיאטרון אל־מיאדין אמרו כי ההחלטה התקבלה כבר בתחילת השנה והיא תוצאה של החלטת שרת "התרבות" "לייבש" את התיאטרון, כחלק מ"מסע רדיפה".

במאבק נגד התיאטרון השתתפו הארגונים "אלמגור", "אם תרצו" ו"בצלמו", ואחייניתו של תמם, אורטל תמם, הגישה תלונה לרשם העמותות בטענה שאל־מיאדין מארגן פעילויות פוליטיות בניגוד למטרות העמותה המפעילה אותו, והשכיר את אולמותיו לכנסים של המפלגות בל"ד וחד"ש. אירוע לזכרו של ג'ורג' חבש, מייסד ארגון החזית העממית, היה אמור להתקיים באל־מיאדין אך קיומו נמנע בעקבות התערבות המשטרה הישראלית. רשם העמותות המליץ לסגור גם את עמותת "פלסטיניאת", שמתמקדת בפעילות נגד גילויי האפליה ובהגנת זכויות האדם וזכויות האזרח. העמותה מקיימת ימי עיון, הרצאות ודיונים בנושא האפליה, אי מוסריותה ולמען הגברת המודעות לסיכונים שלה. העמותה פועלת גם לרכז ולפרסם חומר כתוב בנושא זכויות האדם והאזרח ולעסוק בפעילות הסברתית בנושא, לתת עזרה משפטית ואחרת לניזוקים מגילויי האפלייה, לפעול למען הצטרפות לאמנות הבינלאומיות המגנות על זכויות אדם ואזרח והפועלות כנגד כל גילויי האפלייה.

אך בישראל רואים בפעילות זו סכנה עליהם לכן הם מאשימים את "פלסטיניאת" בכך שהיא עומדת מאחורי קיום אירועים גדולים לזכר הנכבה, ובהם אזכרה ל- "טבח טנטורה" בחלק הדרומי של חוף הכרמל, סיור בצפת בעקבות "ספד" הפלסטינית של לפני 1948, שכולל ריקוד דבקה ליד ביתו לשעבר של "השהיד פואד חיג'אזי", שהוצא להורג על ידי הבריטים בימי המנדט הבריטי.

בישראל מאשימים את העמותה כי מקבלת מימון ממקורות עלומים, ומוסיפים כי בעמותה סירבו לבקשת רשם העמותות לבדוק את המקורות הכספיים והדו"חות שלהם. אז הרשם ביקש לסגור אותן.