פסיקתו של בית הדין הפלילי הבינלאומי, שקבעה כי יש לו סמכות שיפוטית בשטחים הכבושים ובמזרח עיר הקודש, עוררה, כצפוי, תגובות סוערות בישראל. בנימין נתניהו, בביקורתו על ההחלטה, הציב את טיעוניו על שני יסודות מוכרים: האחד, "בית הדין מתעלם מפשעי המלחמה האמיתיים ובמקום זאת רודף אחר ישראל". והשני, "בהחלטתו זו פגע בית הדין בזכותן של מדינות דמוקרטיות להגן על עצמן מפני 'טרור'".

טענותיו של נתניהו מופרכות. בית הדין לא קבע שישראל אשמה בביצוע פשעי מלחמה — הוא פעל על פי בקשת התובעת, פאתו בנסודה, שהניחה את השאלה העקרונית בדבר סמכותו הטריטוריאלית של בית הדין לפתחו של פאנל השופטים. גם אין קשר בין הטענה שישראל היא דמוקרטית ובין ביצוע של פשעי מלחמה. מדינות דמוקרטיות ביצעו ומבצעות פשעי מלחמה, והגדרתן זו אינה מחסנת אותן מפני חקירה או תביעה.

קובלנתה של ישראל, הטוענת שבית הדין מתעלם מפשעי מלחמה אמיתיים ו"מחפש" את ישראל מסיבות פוליטיות, מעידה בעיקר עליה. בית המשפט גם אינו שולל את זכותה של כל מדינה, להילחם בטרור כי להגן על עצמה. אך הוא קובע שהמלחמה בטרור מותנית בעמידה בכללי החוק הבינלאומי ודיני המלחמה, ושההגדרה של פעולה לגיטימית ושל מה שנחשב לפשע מלחמה נתונה לפרשנותו של גוף בינלאומי.

החלק החשוב בהחלטה נוגע להכרה בפלסטין כבמדינה שמחזיקה בזכות לפנות לבית המשפט. אין הוא פוסק בשאלת גבולותיה או מבקש לפתור את הסכסוך הישראלי־פלסטיני, אך הוא מביא בחשבון את ההכרה שקיבלה פלסטין בעצרת הכללית של האו"ם ואת הצטרפות הרשות הפלסטינית לבית הדין הפלילי הבינלאומי בשנת 2015 — והוא רואה בהן תנאים מספיקים על פי אמנת רומא, הקובעת מי רשאי לפנות לבית הדין. בכך הוא מראה שהמאבק של ישראל בהכרה במדינה פלסטינית הוא חסר תוחלת.

על ישראל לראות בהחלטת פאנל השופטים, שסוללת את הדרך לחקירת התנהלותה בשטחים, מעין אזהרת דגל שחור. עכשיו ישראל במעמד חשוד, ועליה להציג את עמדתה ואת פרשנותה בנוגע לאירועים שיחקור בית הדין. השלכת בוץ על בית הדין ואי שיתוף פעולה עם החקירה לא יטהרו אותה מאשמה, אם אכן זו תתברר ותוכח בסופו של דבר.