את הבעיות האחרונות ביפו יש להבין גם בתוך ההקשר הצר יותר של המתח סביב בעיית הדיור. חלק ניכר מתושבי יפו הפלסטינים מתגוררים בדירות שאינן שלהם וחרב הפינוי מרחפת כל הזמן מעל ראשיהם, וזאת בגלל התנהלות מפלה ומקפחת מצד ישראל.

כמחצית מ–20 אלף תושבי יפו הפלסטינים מתגוררים במה שישראל כינתה "נכסי נפקדים" — דירות שהיו בבעלותם של תושבי יפו הפלסטינים המקוריים, וננטשו במהלך כיבוש פלסטין. ישראל הפקיעה את הרכוש הנטוש הזה ושיכנה בו אזרחים פלסטינים שהיו "פליטים פנימיים" — קרי, פלסטינים מיפו שפונו מבתיהם המקוריים בכוח על ידי ישראל, ובמקום ביתם קיבלו את הזכות לגור בבית פלסטיני נטוש אחר במעמד של דייר מוגן.

בכך לא תמה הפגיעה בפלסטינים היפואים. משגזלה מהם את מעמדם כבעלי בתים לטובת מעמד של דיירים מוגנים, ישראל הקפידה לעשות כל שביכולתה כדי להצר את צעדיהם. היא קבעה שזכות הדייר המוגן נגמרת בבני הדור השלישי ולכן מרבית הצעירים תושבי יפו מוצאים עצמם בסכנה של פינוי מהבית שבו גדלו, ושבו משפחתם מתגוררת לפחות מאז שנות ה–60.

זכותם של הדיירים המוגנים לרכוש את בית המשפחה בהנחה ניכרת של 40% היא, במקרה של יפו, תיאורטית בלבד. זאת מאחר שישראל קבעה, שתקרת ההנחה היא 320 אלף שקלים. לנוכח ערכי הנדל"ן היקרים ביפו המשמעות היא שהדיירים המוגנים מקבלים הנחה של 10%–15% לכל היותר מהמחיר, כך שאין ביכולתם לרכוש את הדירה עבורם ועבור ילדיהם.

חמור מזאת, 500 מתוך 1,800 המשפחות שמתגוררות ב"נכסי נפקדים" הוגדרו כפולשות, בטענות שונות ומשונות, וכתוצאה מכך איבדו את זכות הדייר המוגן ונמצאות בסכנת פינוי בכל רגע בלי שיקבלו דבר בתמורה. למעשה, ישראל מאיימת לזרוק 500 משפחות לרחוב מאותם בתים שבהם הם מתגוררים מאז שנות ה–60, אף ששילמו עבור הזכות לגור בהם, ואף שמלכתחילה ישראל היא שהפכה את המשפחות הללו למחוסרות דיור ב–1948.

אי הצדק המשווע הזה בולט במיוחד כשמשווים את היד הנוקשה כלפי פולשים בעג'מי, לפיצויים שקיבלו יהודים שהוגדרו כפולשים בכפר שלם או בגבעת עמל. כך, בשל הקיפוח המתמשך של ישראל, התסיסה ביפו גולשת פעם אחר פעם לרחובות ואנשים משלמים על כך בחייהם. יש לכך פתרון קל ומתבקש: לאפשר לדיירים המוגנים ביפו לקנות את בתיהם באמצעות הגדלת ההנחה, לבטל את תקרת ההנחה המופרכת, ובמקביל לבטל את הגדרת הפולשים למשפחות שמתגוררות באותו בית זה 60 שנים ויותר.