התנועה לחופש המידע בישראל חשפה כי לפחות ב-8 מאחזים בלתי חוקיים משרתים מתנדבים של השירות הלאומי באישור הרשות לשירות אזרחי. ארגון שלום עכשיו ציין שיש מאחזים נוספים שבהם משרתים מתנדבים מהשירות הלאומי. הסיבה שמאחזים אלו לא מופיעים ברשימת המתנדבים של הרשות לשירות אזרחי, היא כי הכתובת של כל מקומות ההתנדבות משוייכת להתנחלות רשמית. רק במקרים אחדים, שם הפרוייקט מסגיר את העובדה שמדובר במאחז לא חוקי.

כך למשל, המתנדבים במאחז הלא חוקי "חוות צאן קדר" רשומים כמשרתים בהתנחלות קדר; המתנדבים במאחז "נוף אב"י" רשומים כמשרתים באריאל וכך הלאה. מלבד שירות לאומי, יש במאחזים גם מתנדבים ב"שנת שירות" שפועלים תחת מערכת שונה, בשיתוף משרד המלחמה.

לפי רשימת הרשות לשירות אזרחי, בהתנחלויות בשטחים הפלסטינים הכבושים משרתים 638 מתנדבים ומתנדבות של השירות הלאומי, רובם במוסדות חינוך, רווחה וכיו"ב. מתוכם יש מספר לא ידוע של משרתים במאחזים שכאמור, רשומים בהתנחלות רשמית, אך למעשה מקום השירות שלהם הוא במאחז לא חוקי. ברשימה מופיעים במפורש 8 מאחזים שבהם יש שירות לאומי, בשם הפרויקט.

בשנים האחרונות הקימו מתנחלים כ-50 מאחזים חקלאיים חדשים בשיטה שמאפשרת להם עם כוח אדם קטן של משפחה אחת וכמה צעירים, להשתלט על אלפי דונמים באמצעות מרעה ובאמצעות סילוק שיטתי של הנוכחות הפלסטינית מהסביבה. חלק מהמתנחלים בחוות הללו נוקטים באלימות ובאיומים כדי לגרש חקלאים ורועים פלסטינים מהסביבה.

בעלת חווה אחת הסבירה לכתבת עיתון הארץ שהעבודה של בנות שירות הלאומי תתמקד בהוצאת עדר הכבשים למרעה כדי לחסום פלסטינים,

ארגון "השומר יו"ש" מפעיל מערך סיוע לחוות הללו, הכולל, בין השאר, גם הפעלת מערך מתנדבים בחוות. לפני כמה חודשים חשפה שלום עכשיו כי משרד החקלאות מסייע ל"השומר יו"ש" במיליוני שקלים בשנה, בנוסף על ארגונים נוספים שמקבלים תקצוב ממשרד החקלאות ומסייעים למאחזים לא חוקיים. מסתבר שהשומר יו"ש גם מפעיל תקנים של שירות לאומי בחוות חקלאיות לא חוקיות.

בנוסף למשרתים דרך השומר יו"ש, יש גם מתנדבי שירות לאומי במאחזים ואתרים לא חוקיים נוספים בשטחים. גם עמותת המתנחלים אלע"ד שפועלת בשכונות פלסטיניות במזרח עיר הקודש נהנית מתקנים של 6 משרתי שירות לאומי.