בדיון הנוסף שהתקיים בבית המשפט העליון בישראל השופטים הפכו ברוב דעות את ההכרעה בדיון הראשון, וקבעו כי היישוב מצפה כרמים הסמוך לכוכב השחר לא יפונה. בפסק הדין קבעו השופטים כי סעיף "תקנת השוק" חל במקרה זה, וכי העסקה במסגרתה הוקצתה הקרקע לתושבים עומדת במבחן תום הלב המוגבר הדרוש להפעלת הסעיף.

"תקנת השוק" היא, הסדר משפטי המטפל בתוצאה של מכירת נכס על ידי מי שאינו בעליו. תקנת השוק מאפשרת לרוכש, לזכות בבעלות בנכס למרות הפגם בהעברה הקניינית. תקנת השוק נכללת בדיני התחרות. במצב בו יש מספר מתחרים על אותו מוצר, זה מאפשר להכריע, מי מהשחקנים קנה לעצמו בעלות בנכס כדין.

ההחלטה המפתיעה של בית המשפט העליון בישראל, התקבלה לאחר שבדיון הראשון שהתקיים בהרכב מצומצם בראשות הנשיאה אסתר חיות, נקבע כי יש לפנות חלק גדול מהיישוב משום שהוא שוכן על קרקע פרטית, וזאת בניגוד לקביעת בית המשפט המחוזי. חיות קבעה כי בכדי להפעיל את הפתרון המשפטי של "תקנת השוק" המאפשר לפצות בעלי קרקע, דרוש "תום לב" ברף גבוה במיוחד, שעל פי פסיקה לא התקיים במקרה של מצפה כרמים. 

=== 

בהתאם למקורות ישראלים, למרות הפסיקה, תושבי מצפה כרמים לא התייאשו ובשיתוף פעולה עם  גורמים בכירים במערכת המשפט הוגשה בקשה לקיים דיון בהרכב מורחב. בתוך כך במערכת המדינית לא תלו ציפיות רבות בהליך, אולם קיוו כי בהליך הנוסף ירוכך מבחן "תום הלב" שקבע בית המשפט, ביחס לאפשרות להפעיל את סעיף 5, המאפשר את השארת המבנים תוך פיצוי לבעלי הקרקע.

לאחר שפורסמה החלטת ההרכב המורחב, כאשר במישור העקרוני, הוחלט ברוב דעות של השופטים כי אכן נדרש תום לב סובייקטיבי "ברף הגבוה", שיש לבחון אותו באמת מידה קפדנית. אבל במישור המעשי קבעו השופטים עמית, ברק-ארז, הנדל וסולברג כי ביחס למקרה הספציפי של מצפה כרמים כן התקיים תום הלב הנדרש, ועל כן ניתן להפעיל את סעיף 5 המאפשר להשאיר את היישוב על כנו, תוך מתן פיצוי לבעלים הרשומים או למי שיוכיחו בעלותם.

החלטת בבית המשפט העליון בישראל מנסה לתת לגיטימיות למצפה כרמים שהוקם על אדמות פרטיות של פלסטינים מהכפרים הסמוכים, דיר ג'ריר וכפר מאליכ, לפי רישומי המנהל האזרחי, והוגדר כמאחז בלתי־חוקי גם בדו"ח שהכינה עו"ד טליה ששון בשנת 2005.