ישראל מתייחסת למשאבי המים שבין הים לירדן כשייכים לה בלבד ורואה בעצמה את הגורם הבלעדי הרשאי לקבל החלטות בנוגע לשימוש בהם.

כידוע השתלטה ישראל על משק המים הפלסטיני והטילה עליו הגבלות ואיסורים גורפים. היא דרשה מהפלסטינים לקבל אישור ממנה לקדיחת בארות חדשות וניצלה לצרכיה את מקורות המים החדשים שלא הייתה לה גישה אליהם, לפני הכיבוש, בעיקר בבקעת הירדן. כמו כן, ישראל חיברה את כל ההתנחלויות שהוקמו בגדה המערבית, לרשת המים הישראלית. המים מסופקים להתנחלויות בהתאם למדדי צריכת המים בתוך ישראל, כאשר אספקת המים ליישובים הישראליים משני צדי הקו הירוק מנוהלים כמערכת אחת.

הסכם הביניים בין הרשות הפלסטינית לישראל, נתן לישראל את המונופול על משאבי המים וקיבע את מעמדה של ישראל כרגולטור וכגורם הבלעדי המוסמך לקבל החלטות אסטרטגיות הנוגעות לכך. ההסכם עיגן את החלוקה המפלה של מקורות המים המשותפים לישראל ולפלסטינים ושמר על העיקרון לפיו חולקו המים טרם חתימתו : הישראלים צורכים מים על פי דרישה, הפלסטינים על פי מכסה מוגבלת שהוגדרה מראש.

הסכם הביניים התעלם ממציאות הכיבוש ומיחסי הכוחות שבין ישראל והפלסטינים. בכך נוצרה אשליה, לפיה בין הים לירדן, מתקיימים שני משקי מים שוויוניים – משק מים ישראלי ומשק מים פלסטיני – החולקים ביניהם את מקורות המים, מקבלים יחד החלטות ומקיימים מנגנוני פיקוח משותפים. אלא ששני הצדדים אינם שווים : ישראל כובשת את הגדה המערבית והיא זו השולטת בשטח ובנתינים הפלסטינים, שלא בחרו בה ושאין להם כל יכולת להשפיע על המערכות האחראיות לגורלם.

יתרה מזו, הסעיפים בהסכם הביניים העוסקים בחלוקת המים, מתעלמים לחלוטין מחלוקת הגדה, שעוגנה בסעיפים אחרים של אותו הסכם, לשטחי A, B ו-C. ישראל הותירה בידיה את כל הסמכויות בשטח C, המהווה כ-60% מהגדה, וכך נותרו הפלסטינים תלויים בהסכמתה – הניתנת בִּמְשׂוּרָה – כמעט בכל עניין:

כל קידוח חדש, כל תשתית מים המחברת בין יישובים פלסטיניים סמוכים וכל מתקן טיפול בשפכים, הנבנה בהכרח הרחק משכונות מגורים חייבים לעבור בשטח C. מדיניות זו יצרה הבדלים חדים בצריכת המים היומית ביישובים הפלסטיניים. ההסכם מאפשר לישראל לייצא מים להתנחלויות הגדה המערבית הכבושה, אבל מונע מהרשות הפלסטינית להוביל מים מאזור אחד של הגדה אל משנהו.

רשות המים הפלסטינית מפיקה מים בעלויות זניחות באזורי קלקיליה, טול כרם ויריחו, אך שלטונות הכיבוש הישראלים מסרבים שהרשות הפלסטינית, תעביר לקהילות פלסטיניות אחרות, לעתים במרחק של קילומטרים ספורים. כך נוצרו פערים חדים בצריכת המים במחוזות הפלסטיניים השונים: ב-2020, צריכת המים לנפש ליום במחוזות בית לחם וחברון עמדה על 51 ליטר בעוד שבמחוז קלקיליה היא הייתה כמעט פי שלושה ועמדה על 141 ליטר לנפש ליום. זה הבט נוסף שמעיד על הכיבוש הישראלי המרושע ונפסל.