圣寺是伊斯兰伟大先知在麦地那建立的第一个集宗教、政治以及社会为一体的伊斯兰政府机构。自1400多年前建立的神圣机构在漫长的岁月中经历了风风雨雨。有时外表的变化可以与皇宫相媲美。但是其内部的高尚任何时候都是一尘不染的，对于崇拜真主来说依然是最纯洁的地方。

事实上，清真寺是大地上最纯洁的地方，是礼拜和崇拜真主的定向标。大多数时候，清真寺都有围墙，但有时清真寺也没有围墙。有时用真丝地毯铺设，有时用细砂铺设。有时在清真寺内建有宏伟的建筑物，有时什么也没有。但吸引人的是一座普普通通的清真寺与其他赫赫有名的清真寺一样是一个纯洁、神圣的地方。

伊斯兰伟大先知迁到麦地那之后，在迈出的第一步中，为巩固伊斯兰政府修建了清真寺，并将清真寺作为政府所在地和指挥部。人们把清真寺视为行善、政治、文化以及社会中心。清真寺必须有一个主事者和一个伊斯兰政府，从事宣传和教授真主的法令。在圣寺，先知及其同伴聚在一起，真主的使者（愿主福安之）为了引导人们在社会中获得幸福带头践行真主的法令。伊斯兰先知在执行所有法律的过程中身先士卒，从自我做起践行真主的命令，以此成为践行真主法令的典范。在该神圣的地方，使者会亲自或命令一名圣门弟子将要求传达给人们。

换句话说，圣寺除了是穆斯林大众完成宗教主命的主要场所之外，还是第一个伊斯兰世界学术、政治以及社会活动中心。因此，清真寺也是向世人宣传纯正伊斯兰教原则的地方。

先知迁到麦地那初期在一个名叫库巴的地区修建了清真寺。据史料记载，库巴地区是麦地那周边一个山清水秀的地方。因为库巴地区有很多椰枣林。该地区的人们是第一个欢迎真主使者的人，先知到达库巴之后在那里呆了几天，等待伊玛目阿里和法图麦等其他家庭成员与他会合，然后再一起前往麦地那。

真主的使者在库巴停留的四天中，在这个地方建造了一座清真寺。在建造清真寺的过程中，只有一堵墙是用石头砌成的。因此，库巴清真寺是真主的使者建造的第一座清真寺。先知关于在库巴清真寺做礼拜的益处说：“谁在库巴清真寺里做了两番拜功，他将得到副朝的回赐。”

先知在麦地那城中住下来之后，每逢周六或周一便来到库巴清真寺，并在该清真寺做礼拜。

伊斯兰伟大先知在库巴停留四天之后，周五在人们的热烈欢迎下进入了麦地那。人们前拥后簇并邀请先知到他们那里去，有时还拉着先知骆驼的缰绳。但是先知说：让骆驼自己走，它在哪个地方趴下来，那个地方就是我住的地方。

这一举措有两种意义。首先，建造圣寺的地点，是真主选择的地方，甚至在选择地点时先知的意志也没有起到作用。其次，这一举措消除了麦地那各部落之间的误解。先知的骆驼在一个叫白尼·马利克·本·纳贾尔的地方停了下来，并在这个地方建造了圣寺。鉴于此，随着地点的确定，先知随即下令建造清真寺。重点是在建造清真寺的过程中先知亲自参与建造并比其他人干的多。尽管圣门弟子们多次要求先知让他们完成这些工作，让先知休息一下。但是先知依然坚持自己干。当然，先知的参与使圣门弟子们更加愿意追随先知的领导。

圣寺的设计方案是独具一格的。在圣寺里看不到任何模仿其他建筑物的迹象，甚至也看不到类似其他天启宗教的礼拜场所，而是其高尚和完美与伊斯兰教的精神融合在一起。毫无疑问，鉴于先知经常前往沙姆等地方，在他的脑海中有一些基督教堂和犹太教堂的设计。但是先知在建造圣寺时没有模仿任何设计。

清真寺的石墙达到一米时，剩下的用土坯砌成，房顶用椰枣叶遮蔽。据传述，有人关于清真寺的质量询问真主的使者，他说：我的清真寺就像穆萨的凉棚一样，然后他谈到了清真寺简单的原因是因为人类短暂的寿命。先知还说：死亡将会快速降临于所有人。

在那个时期，清真寺的一部分让给穷人们居住。大部分穷人来自于迁士，他们迁移麦地那之后因失去财产、地位或离开家园而变得一无所有。在建造清真寺的同时，也为真主使者建造了房子。一些有能力的圣门弟子在清真寺旁边也建造了自己房子，并向着清真寺留了一道门，当礼拜的时间到时他们就从这个门进入清真寺。在迁徙第三年，先知命令关闭所有的门，只有阿里的家门还留着。

在先知归真之后，随着伊斯兰教不断扩大，穆斯林人数增加以及圣寺的空间有限，哈里发们打算扩建圣寺。在几个地方进行了扩建，直到阿巴斯王朝末期，圣寺已经扩大到9000平方米。在奥斯曼执政时期，圣寺多次重建和扩建。伊斯兰教历1265年，苏丹阿卜杜哈米德开始重建圣寺，历时11年完成了这些重建工作。今天在圣寺的碑文上可以看到一些先知后裔、伊玛目、哈里发以及部分圣门弟子的名字，其中一个名字就是伊玛目迈赫迪的名字。这个名字曾经以“活着”一词被刻在碑文上。但是现在随着不断的变化，这个名字已经消失了。

圣寺在沙特家族统治时期，在几个地方也进行了扩建和重建。麦地那因圣寺的存在而享有极高的尊贵。因为真主的使者说：“先知伊布拉欣将麦加作为禁地，为他的民众祈祷，那么我将麦地那作为安宁的禁地。”

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