Il principale ideologo del movimento egiziano “al-Jama al-Islamiyya”, fu Muḥammad Abd al-Salam Faraj che svolse un ruolo fondamentale nella formazione dell’ideologia salafita-jihadista.

Faraj fornì un importante contributo teorico con la sua esaltazione fondamentale del dovere del jihad con il suo "L'obbligo negletto" (al-Farīḍa al-ghayba). Lui credeva che i musulmani del suo tempo avessero la specifica responsabilità di aver trascurato l'adempimento del jihad, che egli riteneva come l'aspetto più importante dell'Islam.
Il primo obiettivo del jihad doveva essere, secondo lui, quello dei regimi locali, per i quali Faraj coniò l'espressione "nemico vicino". Egli teorizzò, partendo da un'idea di Sayyid Qutb, che le moderne società islamiche rappresentavano la jahiliyya (lo stato di "ignoranza") e recuperava l'idea di Ibn-e-Taymiyya.
Faraj credeva che i metodi pacifici non avrebbero mai potuto portare a una autentica società islamica e per questo il jihad rimaneva l'unica opzione per cambiare il quadro sconsolante offerto dalle società che si dicevano musulmane, pressoché tutte caratterizzate dai regimi autoritari e dittatoriali, sia civili sia militari.
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Faraj in quel periodo fallì nei suoi intenti radicali anche a breve termine. Lui non aveva una rete di militanti e complici abbastanza ampia e robusta e i suoi appartenenti furono rapidamente spazzati via. Ciò nonostante, il libretto di Faraj, ‘L'obbligo negletto’ ebbe un'eco importante nel mondo del Fondamentalismo, e non solo in esso. Faraj probabilmente scrisse le sue idee in merito nel 1979, sebbene il libretto fosse distribuito solo tra i suoi seguaci. Le idee che vi erano contenute funsero da faro nel mondo dell'estremismo fondamentalista e terrorista in Egitto durante tutti gli anni ottanta e novante. Ayman al-Zawahiri fu amico di Faraj, suo ammiratore e suo epigono negli anni successivi.
Gli esperti musulmani hanno messo in dubbio ancor più esplicitamente la debolezza del suo impianto culturale, ricordando che i suoi studi avevano riguardato più l'elettricità che la Shari'a: fatto questo caratteristico di pressoché tutti i "nuovi dotti" del Salafismo più conservatore e di orientamento "fondamentalista".

È da notare però che Qutb e anche Faraj non predicavano direttamente i conflitti settari e non esortavano ad attaccare e uccidere i musulmani e gli ulema che non condividevano le stesse ideologie. Però i seguaci estremisti di questi pensieri come il gruppo terroristico di “Al-Qaida” o “Hizb ut-Tahrir, (ossia "Partito della liberazione") invece di combattere i veri miscredenti esterni avviarono i conflitti interni e tra gli stessi musulmani. L’ intervento sovietico in Afghanistan permise la crescita di questi partiti estremisti. Accorrono quindi molti mercenari di tutti i paesi, finanziati dagli USA, che volevano mettere in crisi i russi (come effettivamente avverrà) e dai sauditi, desiderosi di diffondere l’ideologia sviata del wahabbismo.

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Le teorie di Qutb e Faraj infatti giustificarono la rivolta armata contro i “finti musulmani”.
 “Al-Jamāʿa al-Islāmiyya al-Musallaḥa”( Gruppo Islamico Armato) e “Al Jama'a Al Salafiya lil Da'wa wal Qital” in Algeria, noti per aver condotto una campagna di massacri tra la popolazione algerina; “Jama’a al-Shabaab Mujahideen” attivo in Somalia; “Jund Ansar Allah” a Rafah e “Hizb al Tahrir” e tanti altri gruppi che hanno qualche legame con al-Qaeda sono tra i gruppi terroristici di ideologia salafita-jihadista.
Abu Musab al-Zarqawi, un associato ad al-Qaeda e capo del gruppo Ansar al-Islam basato in Iraq all’inizio si presentò come un combattente contro le forze di occupazione in Iraq. Però dopo un po’ iniziò a minacciare apparentemente gli sciiti e perfino i sunniti iracheni e fu responsabile anche di molti attentati sangunosi e decapitazioni della gente indifesa nelle città dell’Iraq. Zarqawi è stato ucciso durante un attacco aereo avvenuto il 7 giugno 2006 in una casa vicino a Ba‘quba.