Ислам Конференциясы ұйымының жұмыстарының екінші кезеңінде исламдық елдердің қарым-қатынастарында жасырын оқиғалар орын алып, бұл ұйымды шынайы дағдарыстарға тіреді. Қайшылықтардың шынайы болғаны сондай, бұл ұйымды өз мақсаттарынан алыстатып, мүше елдердің арасында түсінбеушіліктер тудырды.

Ирактың Иранға қарсы соғыс ашуы, Бейт ул-Харамда ирандық қажыларды өлтіру мен ұйымның Сауд Арабиясының  адамгершіліктен жат әрекеттерін қолдауы, Ирактың Кувейтке қарсы шабуылы, Құдсты азат ету мен Палестина халқының күресін қолдау мақсатының ұмытылуы мен Мысырдың аталмыш ұйымның мүшелігіне оралуы сынды мәселелер Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдердің арасындағы қайшылықтарды арттырды.

1990 жылдардың басындағы өзгерістер, әсіресе Ирактың Кувейтке шабуыл жасауы исламдық елдердің арасындағы түсінбеушіліктерге себеп болған жағдайда Теһранның Ислам Конференциясы ұйымының кезеңдік басшысы міндетін атқаруы бұл ұйымға мүше елдердің арасындағы қарым-қатынастардың жаңа кезеңі болды. Кеңес Одағы мен Шығыс блогы тараған соң АҚШ әлем бойынша жаңа қарсылас іздеп, Шығыс блогының орнына ислам әлемін таңдады. Хантингтон сынды әйгілі ойшылдар  өркениеттердің бетпе-бет келуі туралы еңбектері арқылы идеологиялық текетірестерге жол ашты. Хантингтонның көзқарасы бойынша қырғи-қабақ соғысының аяқталуымен әлем жаңа кезеңге аяқ басты. Жаңа кезеңнің ерекшелігі екі полюстің идеологиялық қарсыласуы емес, өркениеттердің, нақтырақ айтқанда исламдық және батыс өркениеттерінің бетпе-бет келуі болып табылады. 

ИИР мұндай ой-пікірге қарсы болғанымен, әлем мен мұсылман халықтарының қоғамдық пікірі деңгейінде қалыптасқан кеңістікті исламдық елдердің жақсы қарым-қарым-қатынастарын нығайту үшін  пайдаланды. Сол кезеңде Ислам Конференциясы ұйымының басшысы міндетін атқарған ИИР өркениеттердің бетпе-бет келуі туралы ой-пікірге қарсылығын білдіріп, Теһран отырысында бірінші рет өркениеттер арасында диалог жүргізу идеясын ұсынды. Теһран бұл мәселені әлемдік деңгейде көтеріп, дүниежүзі үкіметтері мен халықтарының қолдауына ие болып, БҰҰ тарапынан 2001-ші жылды «Өркениеттер арасындағы диалог  жылы» ретінде атап, осы мәселені таратуға жағдай жасады. Сол кездегі Иран Президенті Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдер басшыларының Теһранда өткен сегізінші саммитінде ислам әлемінің оқиғаларына назар аудартып, исламдық елдердің арасында сенімді артып, келіссөздер жүргізу үшін бұл мәселені қарастыратын комитет құруды ұсынды. Бұл ұсыныс исламдық елдердің басшыларының қолдауына ие болды. Аталмыш комитет өзінің мамандар деңгейіндегі отырысында исламдық елдердің саяси, экономикалық, қоғамдық және мәдени ынтымақтастықтарының негіздері қалыптасқан құжат дайындады. Әрқашан Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдердің жаман ойларына, тіпті қақтығыстарына себеп болған сенімсіздік кеңістігіне байланысты аталмыш комитет идеологиялық және саяси негіздерін қалыптастыра алды. ИИР өзінің басшылық кезеңінде ислам әлеміндегі дағдарыстарға  шынайы назар аударып, бір жағынан мүше мемлекеттер, сонымен бірге халықаралық және басқа елдермен де келіссөздер жүргізіп, ислам әлемінің қиындықтарын азайтып, ұйымның ішкі бірлігін күшейтті.

Мәселен, Палестина мәселесі бойынша сионистік режимнің билікқұмар, басқыншы және лаңкестік әрекеттерін айыптады. Сондай-ақ, Израиль режимінің бұл кезеңде де қалашықтар тұрғызу саясатын жүргізіп, ислам әлеміндегі алаңдаушылықтарға себеп болғанына назар аударып, Теһран белсенді дипломатия жүргізіп, исламдық елдердің мүмкіндіктерін сионистік режимге қарсы тұруға пайдаланды. Ислам республикасы Ислам Конференциясы ұйымын басқарған кезеңде біріншіден, әлемдіктерді сионистік режимнің адамзатқа қарсы әрекеттерімен таныстырды; екіншіден, бұл режимді қысымға тіреп, режимнің басшыларына ислам әлемінің Палестина мәселесіне ерекше көңіл бөлетінін көрсетті. Сонымен бірге бұл кеезңде ислам әлемінің Ливандағы, Ауғанстандағы, Косово мен Шешенстандағы дағдарыстарын шешу жолында көптеген талпыныс жасап, ислам әлемінің бірлігі мен ұйымға мүше елдердің интеграциясына қолайлы жағдай тудырды.

Теһран саммиті исламдық үмбет пен Ислам Конференциясы ұйымы үшін саяси, экономика және мәдениет салаларында көптеген жетістік әкелді. Саяси тұрғыдан ислам әлемінің өркениеттердің бетпе-бет келу пікіріне қарсы ішкі интеграциясы сынды  маңызды жетістігімен бірге Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдер мен БҰҰ мен экономикалық ынтымақтастық ұйымы сынды халықаралық ұйымдармен қарым-қатынас орнатып, сенім артуды қуаттап, осы салада қарарлар бекітті. Исламдық парламентаралық одақ туралы мәселе де Теһран саммиті қарастырған мәселелердің бірі болды. Экономикалық тұрғыдан басқалардан маңыздырақ екі қарар  қабылданды: бірінші қарар ортақ исламдық нарық құруға, екінші қарар исламдық үмбетті 21-ші ғасырға енуге дайындау туралы болды. Мәдени тұрғыдан да исламдық үмбет арасындағы интеграцияға себеп болатын аз санды мұсылмандар қоғамының отырысын өткізу, хиджри қамари айлары мен исламдық мерекелерді сәйкестендіру және исламдық ортақ әрекеттерді үйлестіру комитетін құру сынды жұмыстарға тоқталуға болады.

Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдердің ынтымақтастығы мен интеграциясына себеп болатын өзгерістер Теһран саммитінен кейін де жалғасты. 2001-ші жылғы 11-ші қыркүйек оқиғасы мен Нью-Йорктегі қос ғимаратқа жасалған шабуыл ислам әлеміне қарсы негізсіз дұшпандықтар тудырғанымен, ислам елдері арасындағы бірлік пен ынтымақтастыққа да себеп болды. Мәселен, Батыстың Иракқа қарсы шабуыл жасау туралы қоқан-лоққыларының артуымен Ислам Конференциясы ұйымы 2003-ші жылдың 5-ші наурызында АҚШ-тың Иракқа қарсы шабуылынан шамамен бір ай бұрын төтенше отырыс өткізіп, бұл отырыста Иракқа қарсы ықтималды шабуылды айыптап, Ирактың қауіпсіздігін қолдау қажеттігін қуаттап, мүше елдердің ешбіреуі Иракқа қарсы шабуылға қатыспауы керек деп баса айтты. Бұл мәселе ислам елдерінің, тіпті ең қиын жағдайда да ортақ мүдделерін қорғап, дұшпандарға қарсы тұру үшін ынтымақтастығын сақтап қала алатындығын көрсетті. 1997 жылғы Теһран саммитінен 2011-2012 жылдардағы араб елдерінің көбіндегі қоғамдық көтерілістерге дейін ислам елдері арасында интеграция үдерісі жалғасты. Бұл кезеңде басшылар деңгейінде алты басқосу өтті. Олардың екеуі төтенше жағдайда орын алды. 2000-шы жылы Қатарда өткен тоғызыншы саммитте сионистік режимнің билікқұмарлық әрекеттеріне қарсы тұрған Ливан халқының жеңіске жеткендігі  айтылып, Ливан халқының атына құттықтау айтылды. Сауд Арабиясы, Малайзия мен Сенегалда өткен келесі саммиттерде де интеграция туралы сөз қозғалып, әсіресе АҚШ пен Израильдің Палестина, Ливан мен Сирияның езілген халықтарына қарсы әрекеттері туралы ұстанымдар отырыстардың қорытынды мәлімдемелерінде қарастырлды. 2008-ші жылы Сенегалда өткен 11-ші басқосуда Ислам Конференциясы ұйымына мүше елдер Изарильдің Палестина мен Ливан халықтарына қарсы қылмыстарын айыптауымен бірге АҚШ-тың Сирия халқына қарсы біржақты санкцияларын айыптап, Сирияны жазалау заңының күшін негізсіз деп жариялап, Сирия халқымен бірге екендіктерін қуаттады.  Қорыта айтқанда, бұл кезеңде мүше елдердің арасында ислам мемлекеттерінің интеграциясын тереңдетуге әсерін тигізген ағым қалыптасты. Бұл ағым ислам әлемінің бірлігі мен ынтымақтастығына кедергі болған талибандар тобы мен дұшпандармен, әсіресе Израильмен бітімге келетін ағымға  қарсы болды. Ислам Конференциясы ұйымы ислам әлемі үкіметтерінің ықтиярына қолдарындағы мүмкіндіктерін бірлік пен ынтымақтастықты нығайту үшін пайдалануға мұрсат берді.

Ислам елдері басшыларының 12-ші саммитті 2011-ші жылдың 15-ші наурызында Мысырдың Шарм әл-Шейх қаласында өтуі тиіс болған, бірақ аймақтағы исламдық ояну қозғалысы мен Мысырдағы халықтық көтеріліс және бейберекеттіктердің басталуымен бұл басқосу өтпеді. Осындай оқиғалар ислам елдері арасындағы қайшылықтар мен ұйымға мүше елдердің бір-бірінен алыстауына  әсер етті.