Baada ya Marekani kudai katikati ya mwaka 2011 kwamba ilikuwa imemuua Bin Laden, Ayman al-Zawahiri, kiongozi nambari mbili wa al-Qaeda, alichukua uongozi wa kundi hilo. Tofauti na alivyokuwa Bin Laden, al-Zawahiri hakuwahi kuhimiza kundi lake lipigane dhidi ya Marekani. Mbinu yake ilikuwa ni kupambana na watawala wa nchi za eneo.